A história recomeça três anos depois, em Agosto de 2002. T. K. e Kari, agora com 11 anos, começam o 5º Série, quando são novamente chamados ao dever. No entanto, como os mais velhos estão ocupados, entre universidade, estágio, clubes e vida pessoal, três novas Crianças Escolhidas surgem: Davis, Yolei e Cody.
Forma-se então um novo grupo de DigiEscolhidos, e embora os mais velhos (em especial Izzy e Tai) deêm uma mãozinha de vez em quando, tem um papel definitivamente secundário na história.
O inimigo desta vez é o auto-proclamado Imperador Digimon, um rapaz que ambiciona escravizar e dominar os Digimons com a ajuda das suas Torres Negras, que impedem os Digimons de DigiEvoluir. Com a descoberta dos DigiOvos, o problema soluciona-se, e então as Crianças começam a destruir as Torres, uma após outra.
Depois de derrotarem o Imperador Digimon: que na verdade se chama Ken, descobrem que este é nada mais nada menos do que uma Criança Escolhida e então ele torna-se um membro do grupo. Eles continuam a luta contra o mal, e com a ajuda das Crianças Escolhidas um pouco por todo o mundo, vencem o inimigo. A partir de então, todas as pessoas recebem um parceiro Digimon e o Mundo Digital fica aberto a todos.
TIPOS DE EVOLUÇÃO
Shinka/Evolução: É quando um Digimon de nível Younenki/Em-Treinamento evolui para um de nível Seichouki/Criança, ou quando um Seichouki/Criança evolui para um de nível Seijukuki/Adulto.
Chou Shinka/Super Evolução: É quando um Digimon de nível Seijukuki/Adulto evolui para um de nível Kanzentai/Perfeito.
Warp Shinka/Mega Evolução: É quando um Digimon de nível Seichouki/Criança evolui para um de nível Kyuukyokutai/Mega
Armor Shinka/Hyper Evolução: É quando um Digimon geralmente de nível Seichouki/Criança evolui para um de nível Armor/Armadura com a ajuda de um Digimental/Digiovo.
Jogress Shinka/Evolução de DNA: É quando dois Digimons se unem para criar um de nível maior.
Kyuukyoku Shinka/Giga Evolução: É quando um Digimon de nível Kanzentai/Perfeito evolui para um do nível Kyuukyokutai/Mega.
