Os dois participantes em uma relação yaoi são geralmente referidos como Seme (Ativo) e Uke (Passivo). Apesar desses termos terem se originado nas artes marciais, São usadas com contexto sexual faz séculos e não carregam nenhuma conotação degradativa. Seme é derivado do verbo japonês semeru (Atacar) e uke do verbo ukeru
(Receber). Assim como homens gays em português são referidos como
"Ativo" e "Passivo", seme e uke são uma analogia mais próxima para "lançador" e "pegador" (sic)
O seme é geralmente descrito na cultura anime e mangá com o estereótipo
de um homem fisicamente forte, decidido e/ou protetor. O seme
geralmente tem traços característicos, como um queixo forte, cabelo
curto, olhos pequenos e um estereótipo mais masculino do que o uke. O
seme usualmente persuade
o uke. O uke usualmente é mais baixo, delicado, tem características
mais novas e/ou infantis com olhos grandes. Ele é geralmente menos
experiente em romance ou sexo e isso faz com que a sua interação com o
seme seja sua primeira experiência homossexual. A linha do tempo na qual
um uke resiste em fazer sexo anal com um seme é considerado similar a resistência do leitor em ter sua primeira relação sexual enquanto ainda é virgem.
Apesar desses estereótipos serem comuns, nem todos os trabalhos
aderem a eles. Por exemplo, algumas dos trabalhos publicadas por Be X Boy
mostra histórias com temas como um seme mais novo ou "reversíveis"
(Inversão dos papéis). A "regra da altura", regra na qual o personagem
mais alto é o seme, é também quebrada algumas vezes.
Alguns escritores(as), tanto japoneses(as) quanto ocidentais,
especialmente em BL/shōnen-ai/yaoi, se questionam até quando os papéis
do seme e do uke são uma parte essencial do yaoi como um gênero, e se
estão movendo-se para longe ou totalmente abandonando os tradicionais
papéis seme/uke. Isso é mais comum em fanfics yaoi para séries de anime
ou mangá que estréia personagens que não se encaixam nos papéis de seme e
uke. Escrever um papel tradicional de seme ou uke para eles é
geralmente visto como "fora do personagem", ou seja, não se encaixariam
na visão atual que se têm dos mesmos na história.